La versión actual de sivirep proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.
América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.
El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de
herramientas para:
Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:
Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.
Los contribuyentes al paquete incluyen:
Autores: Geraldine Gómez-Millán, Zulma M. Cucunubá, Jennifer A. Mendez-Romero y Claudia Huguett-Aragón
Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon
Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se
publica con un Código
de Conducta para Contribuyentes. Al contribuir a este proyecto,
aceptas cumplir con sus términos.
Puedes instalar la versión de desarrollo de sivirep
desde GitHub con los siguientes comandos:
Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:
Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando el comando:
🦠Listado de enfermedades (haz clic para ver)
Codigo Enfermedad Año 100 Accidente ofídico 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 101 Accidente por otros animales venenosos 2025 110 Bajo Peso Al Nacer 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 112 Mortalidad Por Desnutrición 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 113 Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 155 Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023, 2024, 2025 205 Chagas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 210 Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 217 Chikunguya 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 220 Dengue Grave 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 228 Exposición A Flúor 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 230 Difteria 2018, 2021 298 Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024 300 Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 305 Tracoma 2017, 2018, 2019, 2022, 2024, 2025 310 Fiebre Amarilla 2007, 2008, 2009, 2016, 2023, 2024, 2025 320 Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 330 Hepatitis A 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 340 Hepatitis B 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 341 Hepatitis C 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 343 Hipotiroidismo congénito 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 345 ESI - Irag (Vigilancia Centinela) 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 346 IRA por Virus Nuevo 2024, 2025 348 Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 349 ETA Colectivo 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 356 Intento De Suicidio 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 360 Intoxicación Por Plaguicidas 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 370 Intoxicación Por Medicamentos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 380 Intoxicación Por Metanol 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 390 Intoxicación Por Metales Pesados 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 400 Intoxicación Por Solventes 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 410 Intoxicación Por Otras Sustancias químicas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 412 Intoxicación Por Gases 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 414 Intoxicación Por Sustancias Psicoactivas 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 420 Leishmaniasis cutánea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 430 Leishmaniasis Mucosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 440 Leishmaniasis Visceral 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 450 Lepra 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 452 Lesiones Por Artefactos Explosivos (pólvora Y Minas Antipersonal) 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 455 Leptospirosis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 456 Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 457 Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 458 Lesiones Por pólvora Y Explosivos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 459 Cáncer Infantil 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 460 Malaria Asociada (Formas Mixtas) 2007, 2008, 2009, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 470 Malaria Falciparum 2007, 2008, 2009, 2010, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 480 Malaria Malarie 2007, 2008, 2009, 2011, 2012, 2013, 2014 490 Malaria Vivax 2007, 2008, 2009, 2010, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 495 Malaria Complicada 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 500 Meningitis Meningocócica 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 510 Meningitis Por Haemophilus Influenzae 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 520 Meningitis Por Neumococo 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 530 Meningitis Tuberculosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 540 Mortalidad por Malaria 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 549 Morbilidad Materna Extrema 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 550 Mortalidad Materna 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 560 Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 580 Mortalidad Por Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 590 Mortalidad Por Eda 0-4 Años 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 600 Mortalidad Por Ira 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 610 Parálisis flácida Aguda (Menores De 15 Años) 2009 620 Parotiditis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 670 Rabia Humana 2007, 2008, 2009, 2010 710 Rubéola 2007, 2008, 2009 730 Sarampión 2011, 2018, 2019 735 Anomalías congénitas 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 739 Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A SARS-COV2 2023, 2024, 2025 740 Sífilis congénita 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 750 Sífilis gestacional 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 760 Tétanos Accidental 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 770 Tétanos Neonatal 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 780 Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos 2025 790 Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas 2013, 2014 800 Tos Ferina 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 810 Tuberculosis Extra Pulmonar 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 820 Tuberculosis Pulmonar 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 825 Tuberculosis Farmacorresistente 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 831 Varicela Individual 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 850 VIH / SIDA y la mortalidad por SIDA 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 875 Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 880 Viruela Símica (Mpox) 2023, 2024, 2025 895 Zika 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 995 Morbilidad por IRA 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025 998 Morbilidad por EDA 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025
Actualmente, sivirep proporciona una plantilla de
reporte llamada Reporte Evento {sivirep}, la cual recibe
los siguientes parámetros de entrada:
Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:
El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de
sivirep es este:
Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.
sivirep ofrece un conjunto de funciones que pueden
utilizarse en distintos escenarios: desde la descarga de datos hasta la
creación de análisis personalizados o la construcción de flujos de
trabajo completos.
Para explorar las funciones disponibles y ejemplos de su uso, visita la página de Análisis personalizados.