Package: sivirep 1.0.1

Geraldine Gómez-Millán

sivirep: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source

Data wrangling, pre-processing, and generating automated reports from Colombia's epidemiological surveillance system, 'SIVIGILA' <https://portalsivigila.ins.gov.co/>. It provides a customizable R Markdown template for analysis and automatic generation of epidemiological reports that can be adapted to local, regional, and national contexts. This tool offers a standardized and reproducible workflow that helps to reduce manual labor and potential errors in report generation, improving their efficiency and consistency.

Authors:Geraldine Gómez-Millán [aut, cre, ctb], Zulma M. Cucunubá [aut, ctb], Jennifer A. Mendez-Romero [aut, ctb], Claudia Huguett-Aragón [aut, ctb], Hugo Gruson [ctb], Juanita Romero-Garcés [ctb], Jaime Pavlich-Mariscal [ctb], Laura Gómez Bermeo [ctb], Andrés Moreno [ctb], Miguel Gámez [ctb], Johan Calderón [ctb], Lady Flórez-Tapiero [ctb], Verónica Tangarife-Arredondo [ctb], Gerard Alarcon [ctb], International Development Research Center [fnd], Pontificia Universidad Javeriana [cph]

sivirep_1.0.1.tar.gz
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sivirep_1.0.1.tar.gz(r-4.5-noble)sivirep_1.0.1.tar.gz(r-4.4-noble)
sivirep_1.0.1.tgz(r-4.4-emscripten)sivirep_1.0.1.tgz(r-4.3-emscripten)
sivirep.pdf |sivirep.html✨
sivirep/json (API)
NEWS

# Install 'sivirep' in R:
install.packages('sivirep', repos = c('https://epiverse-trace.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Peer review:

Bug tracker:https://github.com/epiverse-trace/sivirep/issues

Pkgdown:https://epiverse-trace.github.io

Datasets:
  • dengue2020 - Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirep
  • divipoladata - Códigos e información geografica del DIVIPOLA en sivirep

On CRAN:

colombiaepidemiological-surveillanceepiversepublic-health

8.10 score 43 stars 21 scripts 284 downloads 60 exports 92 dependencies

Last updated 4 days agofrom:15e01fb062. Checks:OK: 3 NOTE: 4. Indexed: yes.

TargetResultDate
Doc / VignettesOKDec 04 2024
R-4.5-winOKDec 04 2024
R-4.5-linuxOKDec 04 2024
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R-4.3-macNOTEDec 04 2024

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Dependencies:askpassbase64encbslibcachemcellrangerclassclassIntclicolorspaceconfigcpp11crayoncurlDBIdigestdistcretedplyre1071epitrixevaluatefansifarverfastmapfontawesomefsgenericsggplot2gluegtablehighrhmshtmltoolshttr2isobandjquerylibjsonlitekableExtraKernSmoothknitrlabelinglatticelifecyclemagrittrMASSMatrixmemoisemgcvmimemunsellnlmeopensslpillarpkgconfigprettyunitsprogressproxypurrrR6rappdirsRColorBrewerRcppreadxlrematchrlangrmarkdownrstudioapis2sassscalessfshowtextshowtextdbsodiumstringistringrsvglitesyssysfontssystemfontstibbletidyrtidyselecttinytexunitsutf8vctrsviridisLitewithrwkxfunxml2yaml

sivirep

Rendered fromsivirep.Rmdusingknitr::rmarkdownon Dec 04 2024.

Last update: 2024-12-04
Started: 2022-10-19

Readme and manuals

Help Manual

Help pageTopics
Agrupar por área geográficaagrupar_area_geo
Agrupar por columnas y casosagrupar_cols_casos
Agrupar por departamento y casosagrupar_dpto
Agrupar por edad y casosagrupar_edad
Agrupar por edades, sexo y casosagrupar_edad_sex
Agrupar por tipo de enfermedad o eventoagrupar_eventos
Agrupar por fecha de inicio de síntomas y casosagrupar_fecha_inisintomas
Agrupar por municipios y casosagrupar_mpio
Agrupar por la pertenencia étnicaagrupar_per_etn
Agrupar por rango de edad y casosagrupar_rango_edad
Agrupar por semana epidemiológica y casosagrupar_semanaepi
Agrupar por sexo y casosagrupar_sex
Agrupar por sexo, semana epidemiológica y casosagrupar_sex_semanaepi
Agrupar por la clasificación inicial del casoagrupar_tipo_caso
Agrupar por área geográfica a nivel departamental o municipalagrupar_top_area_geo
Agrupar por años de una enfermedad o eventoagrupar_years
Calcular incidenciacalcular_incidencia
Calcular incidencia según distribución geográficacalcular_incidencia_geo
Calcular incidencia por sexocalcular_incidencia_sex
Convertir edad a añosconvert_edad
Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirepdengue2020
Códigos e información geografica del DIVIPOLA en sivirepdivipoladata
Estandarizar códigos geográficos de los datos de una enfermedad o eventoestandarizar_geo_cods
Filtrar por departamentos y municipiosgeo_filtro
Importar los datos de una enfermedad o evento por año desde los microdatos del SIVIGILAimport_data_event
Importar datos geográficos de Colombiaimport_geo_cods
Importar la población para efectuar el cálculo de la incidenciaimport_pob_incidencia
Importar las proyecciones DANE del año 2005 hasta el 2035import_pob_proyecciones
Importar la población a riesgo de un evento o enfermedadimport_pob_riesgo
Limpiar datos de SIVIGILAlimpiar_data_sivigila
Limpiar las edades de los datos de una enfermedad o eventolimpiar_edad_event
Limpiar las etiquetas del encabezadolimpiar_encabezado
Limpiar fechas de los datos de una enfermedad o eventolimpiar_fecha_event
Limpiar los valores atípicos de los datoslimpiar_val_atipic
Importar enfermedades y años disponibles para su descarga desde los microdatos del SIVIGILAlist_events
Obtener las condiciones para calcular la incidencia de una enfermedad o eventoobtener_cond_inciden_event
Obtener departamentos de Colombiaobtener_dptos
Obtener la fila con mayor número de casosobtener_fila_mas_casos
Obtener información geográfica de los datos de la enfermedad o eventoobtener_info_depts
Obtener los meses con mayor número de casosobtener_meses_mas_casos
Obtener el nombre de un departamento de Colombiaobtener_nombre_dpto
Obtener el nombre de un municipio de Colombiaobtener_nombre_mpio
Obtener el párrafo de la distribución de casos por sexoobtener_text_sex
Obtener columnas de ocurrencia geográfica de los datos de la enfermedad o eventoobtener_tip_ocurren_geo
Obtener valor del archivo de configuraciónobtener_val_config
Generar gráfico de distribución de casos por área geográficaplot_area_geo
Generar gráfico de distribución de casos por departamentosplot_dptos
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Generar gráfico de distribución de casos por edad y sexoplot_edad_sex
Generar gráfico de distribución de casos por fecha de inicio de síntomasplot_fecha_inisintomas
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Generar gráfico de distribución de casos por sexo y semana epidemiológicaplot_sex_semanaepi
Generar tabla con la incidenciaplot_tabla_incidencia_geo
Generar tabla con la incidencia por sexoplot_tabla_incidencia_sex
Generar tabla con la distribución de casos por tipo de enfermedad o eventoplot_tabla_tipos_event
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Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso y los años seleccionadosplot_tipo_caso_years
Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica a nivel departamental o municipalplot_top_area_geo
Generar gráfico de distribución de casos por añoplot_years