Package: sivirep 1.0.2

Geraldine Gómez-Millán

sivirep: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source

Data wrangling, pre-processing, and generating automated reports from Colombia's epidemiological surveillance system, 'SIVIGILA' <https://portalsivigila.ins.gov.co/>. It provides a customizable R Markdown template for analysis and automatic generation of epidemiological reports that can be adapted to local, regional, and national contexts. This tool offers a standardized and reproducible workflow that helps to reduce manual labor and potential errors in report generation, improving their efficiency and consistency.

Authors:Geraldine Gómez-Millán [aut, cre, ctb], Zulma M. Cucunubá [aut, ctb], Jennifer A. Mendez-Romero [aut, ctb], Claudia Huguett-Aragón [aut, ctb], Hugo Gruson [ctb], Juanita Romero-Garcés [ctb], Jaime Pavlich-Mariscal [ctb], Laura Gómez Bermeo [ctb], Andrés Moreno [ctb], Miguel Gámez [ctb], Johan Calderón [ctb], Lady Flórez-Tapiero [ctb], Verónica Tangarife-Arredondo [ctb], Gerard Alarcon [ctb], International Development Research Center [fnd], Pontificia Universidad Javeriana [cph]

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DESCRIPTION |NEWS
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sivirep/json (API)

# Install 'sivirep' in R:

install.packages('sivirep', repos = c('https://epiverse-trace.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Bug tracker:https://github.com/epiverse-trace/sivirep/issues

Pkgdown/docs site:https://epiverse-trace.github.io

Datasets:

dengue2020 - Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirep
divipoladata - Códigos e información geografica del DIVIPOLA en sivirep

On CRAN:

colombia epidemiological-surveillance epiverse public-health

6.44 score 44 stars 28 scripts 10 downloads 60 exports 82 dependencies

Last updated from:3c2051f000. Checks:9 OK. Indexed: yes.

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wasm-release	OK	140

Exports:agrupar_area_geo agrupar_cols_casos agrupar_dpto agrupar_edad agrupar_edad_sex agrupar_eventos agrupar_fecha_inisintomas agrupar_mpio agrupar_per_etn agrupar_rango_edad agrupar_semanaepi agrupar_sex agrupar_sex_semanaepi agrupar_tipo_caso agrupar_top_area_geo agrupar_years calcular_incidencia calcular_incidencia_geo calcular_incidencia_sex convert_edad estandarizar_geo_cods geo_filtro import_data_event import_geo_cods import_pob_incidencia import_pob_proyecciones import_pob_riesgo limpiar_data_sivigila limpiar_edad_event limpiar_encabezado limpiar_fecha_event limpiar_val_atipic list_events obtener_cond_inciden_event obtener_dptos obtener_fila_mas_casos obtener_info_depts obtener_meses_mas_casos obtener_nombre_dpto obtener_nombre_mpio obtener_text_sex obtener_tip_ocurren_geo obtener_val_config plot_area_geo plot_dptos plot_edad plot_edad_sex plot_fecha_inisintomas plot_map plot_mpios plot_per_etn plot_sex plot_sex_semanaepi plot_tabla_incidencia_geo plot_tabla_incidencia_sex plot_tabla_tipos_event plot_tipo_caso plot_tipo_caso_years plot_top_area_geo plot_years

Dependencies:askpass base64enc bslib cachem cellranger class classInt cli config cpp11 crayon curl DBI digest dplyr e1071 evaluate farver fastmap fontawesome fs generics ggplot2 glue gtable highr hms htmltools httr2 isoband jquerylib jsonlite kableExtra KernSmooth knitr labeling lifecycle magrittr MASS memoise mime openssl pillar pkgconfig prettyunits progress proxy R6 rappdirs RColorBrewer Rcpp readxl rematch rlang rmarkdown rstudioapi s2 S7 sass scales sf showtext showtextdb stringi stringr svglite sys sysfonts systemfonts textshaping tibble tidyselect tinytex units utf8 vctrs viridisLite withr wk xfun xml2 yaml

sivirep

Rendered fromsivirep.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2025-05-03
Started: 2022-10-19

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Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirep	dengue2020
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Filtrar por departamentos y municipios	geo_filtro
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Importar las proyecciones DANE del año 2005 hasta el 2035	import_pob_proyecciones
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Importar enfermedades y años disponibles para su descarga desde los microdatos del SIVIGILA	list_events
Obtener las condiciones para calcular la incidencia de una enfermedad o evento	obtener_cond_inciden_event
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Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso y los años seleccionados	plot_tipo_caso_years
Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica a nivel departamental o municipal	plot_top_area_geo
Generar gráfico de distribución de casos por año	plot_years

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